Komitmen penerapan praktik Tata Kelola Perusahaan secara berkelanjutan ditunjukkan dengan adanya Whistleblowing System (WBS). Saat ini WBS Perusahaan mengacu pada WBS Pelindo Group. Perusahaan mendorong Dewan Komisaris, Direksi, Pegawai/Karyawan Tetap/Tidak Tetap, Outsourcing dan seluruh stakeholder untuk mendukung program Pelindo Bersih dengan memanfaatkan Whistleblowing System untuk melaporkan setiap tindakan pelanggaran kode etik bisnis atau pelanggaran kepatuhan disertai dengan bukti yang dapat dipertanggungjawabkan.

Setiap Insan PTP Perusahaan atau stakeholder yang melaporkan adanya pelanggaran kode etik bisnis maupun pelanggaran kepatuhan akan mendapatkan perlindungan, baik dalam hal kerahasiaan identitas maupun dari kemungkinan tindakan balasan oleh si terlapor. Penerapan WBS di lingkup Perusahaan telah disahkan melalui Peraturan Direksi No. HK. 55/1/9/7/PTP-21 tentang Pedoman Pengelolaan Gratifikasi, Anti Money Laundering, Anti Penyuapan (Anti Bribery), Pelaporan Pungutan Liat dan Penerapan Whistle Blowing System di Lingkungan PT Pelabuhan Tanjung Priok.